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生物有机肥的施用方法包括：

撒施法：结合深耕或在播种时将生物有机肥均匀地施在根系集中分布的区域和经常保持湿润状态的土层中，做到土肥相融。

条状沟施法：条播作物或葡萄、猕猴桃等果树，开沟后施肥播种或在距离果树5厘米处开沟施肥。

环状沟施法：苹果、桃、柑桔等幼年果树，距树干20-30厘米，绕树干开一环状沟，施肥后覆土。

放射状沟施：苹果、桃、柑桔等成年果树，距树干30厘米处，按果树根系伸展情况向四周开4-5个50厘米长的沟，施肥后覆土。

穴施法：点播或移栽作物，如玉米、棉花、西红柿等，将肥料施入播种穴，然后播种或移栽。

蘸根法：对移栽作物，如水稻、西红柿等，按生物有机肥加5份水配成肥料悬浊液，浸蘸苗根，然后定植。

盖种肥法：开沟播种后，将生物有机肥均匀地覆盖在种子上面。

基肥施用：用作基肥时，应将生物有机肥与有机肥按1:500-1.5:500的比例混匀，用水喷湿后遮盖，堆腐3-5天，中间翻捣一次后施用。

种肥施用：刨埯后将拌有细土的生物有机肥施于埯中，再点种；机播时可将拌有细土或有机肥的生物有机肥放入施肥箱中，使开沟、施有机肥、播种、覆土、镇压等作业一次性完成。

拌种施用：先将种子表面用水或红糖水喷湿，然后将种子放入生物有机肥中搅拌，使表面均匀粘满肥料后，在阴凉通风处稍阴干即可播种。

蘸根施用：各种作物苗木在移栽前，先将生物有机肥加一些细土，再对适量水搅拌成糊状泥浆，移栽时，将作物苗木的根部在泥浆中蘸一蘸，根部粘满生物有机肥的泥浆后，再移栽，然后将剩余泥浆加水稀释后浇灌在根部，相当于移栽后的浇水。

灌根施用：一般采用灌根施用的方法。具体做法是将1kg生物有机肥加200-300kg水，配成溶液。在作物根系旁刨坑后，将溶液浇入坑内，水渗完后覆土。果树追肥时要在根盘外缘挖施肥沟，进行灌根，渗完后即覆土。

土壤改良与培肥：以秋耕为施肥契机，结合耕地将各类有机、无机肥（包括各类土壤调理、处理剂）一起施入。

土壤深施：一般将有机肥施在根系密集层附近，施后覆土，以免造成养分挥发损失。

根外追肥：将堆肥与10倍的水混合均匀，静置后取其上清液，借助喷雾器将肥料溶液喷洒在作物叶面，以供叶面吸收。

育苗肥：充分腐熟的有机肥料，分释放均匀，养分全面，是育苗的理想肥料。一般以10%的发酵充分的发酵有机肥料加人一定量的草炭、蝇石或珍珠岩，用土混合均匀做育苗基质使用。