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微生物菌剂的制备方法通常包括以下几个步骤：

备料：选择富含蛋白质的动物性或植物性成分，如废弃的鱼骨、羽毛、毛发等动物蛋白，或海藻、黄豆、棕榈粉、花生等植物蛋白，通过研磨机研磨至300目以上。

配备溶剂：在罐体中添加溶剂，通常使用水、糖类等，糖类可以通过菌种繁殖代谢产生。

混合发酵：将制备的粉碎蛋白质添加到溶剂中，调整溶剂温度至40-50°C之间，混合均匀后进行密封保存，让菌种进行发酵，通常保存时间为24-48小时。

菌种选择：常用的菌种包括枯草芽孢杆菌、果酸菌、光合菌、酵母菌、丝状菌、乳酸菌、根瘤菌、溶磷菌、解钾菌、放线菌和曲霉菌等，根据需要选择单一或多种菌种。

制备复合菌剂：将不同功能菌株按一定比例混合培养，如红平红球菌、不动杆菌、沼泽红假单胞菌、枯草芽孢杆菌等，以发挥不同功能。

吸附与造粒：将发酵好的菌液与有机、无机化肥混合，通过吸附剂制备成活菌制剂，或者将菌液与磷酸一铵、尿素、硫酸钾、黄腐酸钾等混合造粒，制成全水溶可滴灌的微生物菌剂颗粒。

添加辅料：为了增强菌剂的功能，可以添加聚谷氨酸、聚天冬氨酸等辅料，以提高养分有效性和土壤改良效果。

消毒与烘干：对培养皿等设备进行杀菌消毒，保证菌剂生产过程的卫生，之后将制备好的菌剂进行烘干。

应用：根据需要，菌剂可以用于土壤改良、修复、污水处理、农业生产等领域，通过冲施、滴灌、喷雾、灌根等方式使用。

质量控制：确保菌剂中微生物的活性和数量，以满足特定应用的需求。