靠见效速度评价产品好坏：见效快并不代表是好的生物有机肥，因为生物有机肥的效果发挥与微生物菌群繁殖速度、菌群数量关系紧密，菌群生长存在周期，这一点与化学肥料和植物调节剂不同。
种类混乱，分不清使用的是菌剂还是菌肥：农用微生物菌剂是指目标微生物（有益菌）经过工业化生产扩繁后制成的活菌制剂，而微生物菌肥包含复合微生物肥料和生物有机肥。
认为一种产品中菌的种类越多、含菌量越大越好：复合菌剂的使用效果会受到不同菌种生长习性的影响，盲目复合容易造成菌种间的拮抗，影响效果发挥。菌衡量标准为有效活菌数（CFU），单位为亿/克或亿/毫升，但数量不能代表全部，还要看有效活菌的数量。