选用质量合格的微生物肥料：确保产品中有效活菌数达到规定指标，杂菌含量低，且未过期。
减少肥料中微生物的死亡：避免阳光直射菌肥，拌种时应在阴凉处操作，拌种后要及时播种，并立即覆土。一般菌肥不可与有害农药、化肥混合施用。
创造适宜的土壤环境：在酸性土壤上施用应中和土壤酸度后再施。土壤过分干燥时，应及时灌浇。大雨过后要及时排除田间积水，提高土壤透气性。
选择适合的施肥方法：根据作物种类和土壤类型选择合适的施肥方法，如种施法、撒施法、条状沟施法、环状沟施法、放射状沟施、穴施法、蘸根法、盖种肥法等。
注意施肥深度和施用量：根据作物需求确定施肥深度和施用量，施肥后要加盖新土和浇水保湿。