微生物菌剂在环境治理中具有重要作用，主要体现在以下几个方面：
分解污染物：微生物菌剂能够通过代谢将污染物氧化分解为二氧化碳和水等最终产物，或转化为微生物的营养物质。例如，光合细菌和芽孢杆菌等微生物可以将恶臭气体硫化氢转化为自身生长所需要的硫元素。
吸附污染物：一些微生物含有黏性物质，可以吸附环境中的污染物，从而起到净化环境的作用。
抑制病原菌和腐败菌：微生物菌剂成为环境中的优势菌后，能够抑制病原菌和腐败菌的生长，从而改善环境质量。
降解多种污染物：复合微生物菌剂可以将多种微生物的降解性基因从细胞中分离出来，组装到一个细胞中，使其集多种微生物的降解功能于一身，可以同时降解多种污染物。
安全性：微生物菌剂在环境治理中的应用安全性较高，对环境、人体健康和生态平衡的危害较小。